Seif lớn lên trong một gia đình của các nhà hoạt động xã hội, và chính trị là một chủ đề thảo luận liên tục trong thời thơ ấu của cô. Cha của cô, Ahmed Seif, người đã chết năm 2014, là một luật sư nhân quyền và lãnh đạo phe đối lập, người đã ở tù năm năm trong chế độ Mubarak. Trong thời gian bị giam giữ, ông ta đã bị tra tấn. Mẹ cô, Laila Soueif, cũng là một nhà hoạt động và một giáo sư toán học. Cô đã giúp tổ chức các cuộc biểu tình chống lại chế độ Mubarak trong nhiều thập kỷ trước khi ông sụp đổ. Mẹ cô "nổi tiếng trên đường phố là người nóng nảy và can đảm, và đã nhiều lần phải đối mặt với cảnh sát cầm dùi cui không có gì ngoài tiếng la mắng, giọng nói khinh bỉ, giọng nói bùng nổ và đôi mắt đăm chiêu".[2]

Anh trai của Seif, Alaa Abd El-Fattah, người đồng sáng lập trang tổng hợp blog Ai Cập Manalaa và năm 2005 bắt đầu ghi nhận sự lạm dụng của chế độ Mubarak. Alaa đã bị bắt tại một cuộc biểu tình năm 2006 và bị giam cầm 45 ngày, trong đó Mona và vợ Manal đã giúp tổ chức một chiến dịch trực tuyến để giải thoát anh. Em gái của Seif, Sanaa Seif, cũng là một nhà hoạt động đối lập và người biểu tình.[2]

Seif là một sinh viên tốt nghiệp ngành sinh học ung thư. Cô đang nghiên cứu gen ung thư vú BRCA1 và kiểu đột biến của nó ở bệnh nhân Ai Cập. Cô nói rằng cô có hai sự nghiệp toàn thời gian: một là về nghiên cứu ung thư và một là các hoạt động nhân quyền.[2][4][5]